博斯腾湖介于东经86°40′~87°25′,北纬41°56′~42°14′之间,东西长55公里,南北宽25公里,水域总面积800多平方公里(2014年),湖面海拔1048米,平均深度9米,zui深处17米。湖区深居欧亚腹地,光照充足,热量丰沛,雨量稀少,属典型的温带大陆性气候。
博斯腾湖属于山间陷落湖,主要补给水源是开都河,同时又是孔雀河的源头。博斯腾湖的湖体可分为大湖区和小湖区两部分,大湖的面积近千平方公里,小湖的面积仅有百余平方公里。